La descabellada persecución de Scrat por la bellota, que persigue desde el principio de los tiempos, tiene consecuencias que cambiarán al mundo. Un cataclismo continental desencadena la aventura para Manny, Diego y Sid. En la estela de estas agitaciones, Sid se reúne con su abuela cascarrabias, y la manada tropieza con una pintoresca colección de piratas marineros decididos a impedirles su regreso a casa.

La historia prehistórica sigue pero las cosas cambian: Manny está decepcionado por Ellie y Morita. Diego se enamora de Shira, una tigresa dientes de sable. Sid deberá encontrar al resto de su familia. Scrat irá a la isla detrás de las bellotas; y Scraty cobrará venganza tratando de impedir que Scrat llegue a la isla. Sin embargo, todo cambia cuando Gutt un pirata malévolo captura a toda la manada para impedir que vuelvan a casa.